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Nació el 16 de junio  de 1971 en East Harlem distrito de Manhattan, New York. Fue nombrado en honor al revolucionario inca Túpac Amaru II. Su madre, Afeni Shakur, era una miembro activa del Partido Pantera Negra a finales de 1960 y principios de 1970. Tupac nació justo un mes después de la absolución de ella de más de 150 cargos de "conspiración contra el gobierno de los Estados Unidos y los monumentos de Nueva York". Aunque oficialmente no está confirmado por la familia Shakur, varias fuentes aseguran que el nombre de nacimiento de Tupac era "Lesane Parish Crooks". Debido a que Afeni tenía miedo de que sus enemigos atacaran a su hijo, le encubrió usando un apellido diferente, para cambiarlo después de su matrimonio con Mutulu Shakur. Respecto a su padre, Tupac mencionó que era "un integrante de las Panteras Negras, sin embargo nunca me crio, sólo vino un día y me dijo que era mi padre, me dio dinero y se marchó y jamás lo volví a ver"

 La lucha y el encarcelamiento rodeó a Tupac desde su infancia. Su padrino, Elmer "Geronimo" Pratt, un importante personaje en las Panteras Negras, fue declarado culpable de asesinar a un profesor de la escuela durante un robo en 1968, aunque posteriormente su condena fue anulada. Su padrastro, Mutulu, pasó cuatro años en la lista de los 10 fugitivos más buscados del FBI a partir de 1982, en la preadolescencia de Tupac. Mutulu era buscado en parte por haber ayudado a su hermana Assata Shakur (también conocida como Joanne Chesimard) para escapar de una penitenciaría en Nueva Jersey, donde estaba encarcelada por asesinar presuntamente a un policía estatal en 1973. Mutulu fue capturado en 1986 y encarcelado por el robo de un camión blindado Brinks en el que murieron dos agentes de policía y un guardia.  Shakur tenía una hermanastra, Sekyiwa, dos años menor que él, y un hermanastro mayor, Mopreme "Komani" Shakur, que apareció en muchas de sus grabaciones.